ถึงแม้ว่าสมเด็จพระราชาธิบดีปีเตอร์และเหล่าคณะที่ปรึกษาของพระองค์ต่อต้านนาซีเยอรมนี ผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน เจ้าชายพอลทรงประกาศว่า ยูโกสลาเวียจะยึดมั่นในข้อตกลงไตรภาคี (ฝ่ายอักษะ) ในวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2484 พระราชาธิบดีปีเตอร์ พระชนพรรษา 17 พรรษา ทรงได้รับประกาศบรรลุนิติภาวะ และทรงได้การสนับสนุนจากอังกฤษในการรัฐประหารผู้ซึ่งยอมรับข้อตกลงไตรภาคี

ความยืดเยื้อของปฏิบัติการบาร์บารอสซา เยอรมนีได้โจมตียูโกสลาเวียและกรีซพร้อมๆกัน ตั้งแต่ 6 เมษายน กองกำลังอากาศยานลุฟท์วาฟได้โจมตีเบลเกรดอย่างหนึ่งถึง 3 วัน 3 คืนเป็นปฏิบัติการลงโทษยูโกสลาเวีย ภายใน 1 สัปดาห์ เยอรมนี,บัลแกเรีย,ฮังการี และอิตาลีได้ระดมพลบุกยูโกสลาเวียและคณะรัฐบาลได้ประกาศยอมแพ้สงครามในวันที่ 17 เมษายน ยูโกสลาเวียได้ถูกแบ่งเป็น 4 ส่วนโดยเยอรมนี บัลแกเรีย ฮังการี และอิตาลีตามความต้องการและครอบงำชาวโครแอต ชาวเซิร์บ และชาวมอนเตเนโกรสมเด็จพระราชาธิบดีปีเตอร์จำต้องเสด็จพระราชดำเนินออกนอกประเทศพร้อมคณะรัฐบาลยูโกสลาเวียเนื่องจากการบุกของฝ่ายอักษะ ในขั้นต้นเสด็จพระราชดำเนินพร้อมคณะรัฐบาลไปที่กรีซและเยรูซาเลม จากนั้นได้เสด็จพระราชดำเนินไปที่บริติชปาเลสไตน์และกรุงไคโร ประเทศอียิปต์ พระองค์เสด็จพระราชดำเนินไปยังอังกฤษในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2484 ที่ซึ่งทรงเข้าร่วมกับคณะรัฐบาลประเทศต่างๆที่ลี้ภัยจากการโจมตีของนาซี พระองค์ทรงสำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์และทรงเข้าร่วมกองทัพอากาศอังกฤษ

ถึงอย่างไรก็ตามความล้มเหลวของกองทัพยูโกสลาฟ เกิดความขัดแย้งขึ้นสองฝ่าย ฝ่ายแรกคือกลุ่มหัวรุนแรงยูโกสลาฟที่ซึ่งเป็นกลุ่มคอมมิวนิสต์ซึ่งล้อมรอบไปด้วยกลุ่มสาธารณรัฐที่ประกอบด้วยรัฐบาลยูโกสลาฟนำโดยยอซีป บรอซ ตีโต อีกฝ่ายหนึ่งคือกลุ่มเช็ทนิกส์ เป็นกลุ่มที่โดดเด่นในกลุ่มการเคลื่อนไหวในเซอร์เบียทั้งหมด นำโดย นายพลเดรซา มิเฮลโรวิก ซึ่งได้ประกาศความแตกแยกครั้งนี้ในไม่ช้าโดยรัฐมนตรีกลาโหมของคณะรัฐบาลพลัดถิ่น การเริ่มต้นในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2484 กลุ่มเช็ทนิกส์ได้เข้าโจมตีที่มั่นของกลุ่มหัวรุนแรงยูโกสลาฟ การปลดปล่อยดินแดนและในไม่ช้าได้เริ่มต้นร่วมมือกับกลุ่มต่อต้านพวกหัวรุนแรงแต่พยายามยึดครองดินแดนของเหล่าผู้สนับสนุนตนเอง พันธมิตรที่สนับสนุนมิเฮลโรวิกได้เปลี่ยนมาสนับสนุนกลุ่มหัวรุนแรงที่ต่อสู้กับกองทัพเยอรมันที่เป็นกลุ่มเช็ทนิกส์ กลุ่มหัวรุนแรงได้รับการเห็นใจในเตหะรานและพันธมิตรยูโกสลาฟได้เข้าร่วมต่อต้าน ในปีพ.ศ. 2487 นายพลยอซีป บรอซ ตีโต ได้ถูกยอมรับโดยรัฐบาลพลัดถิ่นและสมเด็จพระราชาธิบดีปีเตอร์ได้ทรงเป็นผู้บัญชาการทหารของกองทัพยูโกสลาฟ และแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีได้ร่วมกับรัฐบาลซึ่งได้รับการสนับสนุนในยูโกสลาเวียมีการต่อต้านฝ่ายอักษะและผู้สนับสนุนมากมาย